Di seguito una lista di aspetti negativi osservati in Joomla. Chiaramente la presente analisi è assolutamente soggettiva di chi scrive questo articolo, è basato nell'esperienza personale con l'applicazione.

• Il codice html generato non è semantico.
• Non esistono azioni solide del team di sviluppo per rendere l'applicazione più accessibile. Nonostante la crescente importanza dell'accessibilità nelle web, poco si è fatto al riguardo con Joomla. Si spera che le azioni future mirino più verso questa necessità primaria.
• Dipendenza eccessiva del javascript nel pannello di amministrazione di joomla. Una buona dose di < noscript > alternativi non sarebbero niente male.
• Limitazione nelle opzioni per personalizzare i livelli di utenti. Non basterebbe solo personalizzarli, bensì creare nuovi livelli e permessi. Molte volte gli attuali livelli di utenti sono insufficienti. Esiste un componente denominato Community Builder che migliora un po' la situazione, ma alcune volte non è all'altezza. La cosa ideale sarebbe un buon gestore di utenti introdotto in modo nativo.
• Pianificazione insufficiente dell'interfaccia amministrativa. Questo aspetto è uno delle eredità di Mambo che comunque è stata migliorata notevolmente nella versione 1.5. Ci riferiamo in modo specifico alla presenza di funzioni ridondanti che molte volte hanno causato confusione nel momento di configurare il sito. Tutto questo causa una certa confusione agli utenti che iniziano con Joomla. Ugualmente è chi lo considerano comodi dalla prima volta. Questione di installarlo e sperimentare il feeling con l'applicazione.

In generale, si presume che queste limitazioni vengano sanate con la versione 1.6 attualmente in fase di sviluppo e test.